Trâu rừng Philippines ban đầu được nhà động vật học người Pháp Pierre Marie Heude mô tả bằng danh pháp Anoa mindorensis vào năm 1888. Năm 1958, loài được mô tả bằng danh pháp Anoa bubalis mindorensis, một phân loài của loài trâu nước về sau (Anoa bubalis).[20] Dưới một thập kỷ sau đó, trâu rừng Philippines được nâng tầm lên thành loài Anoa mindorensis năm 1969.[22]

Nghiên cứu và phân tích sau đó về mối quan hệ xác định chi rằng Anoa là một phần của chi Bubalus. Danh pháp khoa học của trâu rừng Philippines được cập nhật theo hình dạng hiện tại, Bubalus mindorensis (đôi khi được tham chiếu là Bubalus (Bubalus) mindorensis).[23]